A község nevét feltehetően egy, a területén létezett kikövezett kútról vagy forrásról kaphatta. A "Zala" előtag a megyebeli hovatartozásra, illetve magára a falutól nyugati irányban található Zala folyóra utal. A középkori falu feltehetően a mai település déli végződésénél egy forrás körül lehetett. A néphagyomány szerint itt alapfalakat találtak, azonban ezt régészek nem igazolták. A megtalált középkori cserepek és maradványok mégis bizonyítják a falu korábbi létezését.

Zalaköveskút első említése 1408-ból való. A XV. század során csak a Köveskúti nemes család tagjai és jobbágyaik voltak a lakói. 1572-ben, a török támadása után a jobbágyok elhagyták a települést, azonban a nemesek nem költöztek el a faluból. A XVII. században újabb nemesi családok (Ácsok, Balassák, Forintosok) is megjelentek a birtokosok között. A XVIII. században a nemesek száma fogyott, s közben egyre több zsellér választotta lakhelyéül a községet. Azonban komolyabban nem nőtt a település lakossága, mivel a környező földek kevéssé voltak alkalmasak a földművelésre, de még a szőlő is nehezen termett meg.

Zalaköveskút 1930 és 1936 között Nemesbük része volt.

A XX. században a lakosságszám drasztikusan csökkent, főleg az 1970-es évek után, így lett mára egyike a legkisebb magyarországi településeknek. A lakosság elöregedett, és a kisebb infrastrukturális beruházások ellenére nem vált vonzóvá a fiatalok számára, elsősorban elzártsága miatt.

Természeti környezete azonban érintetlen, ezért kiváló célpont lehet a természetkedvelő turisták számára.