A margitszigeti premontrei konvent a XIII. században alapított kolostor. Az épület a korábban ott állt Szent Mihály-templom helyén épült fel, ami a sziget legkorábbi egyházi épülete volt, ezt a kis templomot 1225-ben említette először oklevél.

A Domonkos rendi apácakolostor létrejötte és terjeszkedése miatt csökkent a Premontrei kolostor jelentősége, és gyakran pereskedtek is egymással.

A konvent hanyatlása a török korban következett be, amikor 1526-ban a szerzetesek elmenekültek. A hajdani konvent falai nagyrészt eltűntek a föld színéről, kivéve a templom délkeleti falait. A kolostor maradványait Lux Kálmán tárta fel, és a romjainak felhasználásával építette meg a premontrei kápolnát. Az ásatásokhoz a kezdőlökést egy szélvihar adta meg, amely 1914-ben egy vén diófát csavart ki a földből, gyökerei között egy haranggal. Ez hazánk egyik legrégebbi, a XV. században öntött harang, amit a rajta szereplő gót betűs felirat szerint Hans Strous mester készített.

A Lux Kálmán vezette ásatások során feltárt templom 8 méter széles és 12 méter hosszú hajóval épült, végében félkörös záródású szentéllyel. A templom mellett XV. századi kápolna állt, ami a mai templom sekrestyéjét alkotja. Az ásatások a templomon belül egy korábbi periódust is feltártak, és a konvent épületének egy részét is a felszínre hozták.

A ma látható Szent Mihály-kápolna a XIII. prépostsági templom alapfalaira épült, annak rekonstrukciója. A helyreállítást Dr. Lux Kálmán építész vezette 1930-31-ben.